La gestion des matières alimentaires résiduelles n’est pas directement liée à la sécurité alimentaire, mais elle fait quand même partie du système alimentaire, car le compost qui en résulte permet de nourrir le sol.
Lorsque l’on se balade à Ekuanitshit, on peut apercevoir des camions commerciaux affichant un logo rouge et jaune sur lequel il est écrit compost. Ces camions font une ronde des résidences de la communauté pour récolter les résidus alimentaires directement à la porte. Une fois la tournée accomplie, les résidus sont transférés dans un bac à compost en bois où ils entrent en phase de putréfaction primaire. Ils sont ensuite placés dans un bac de compostage rotatif dans lequel les aliments en putréfaction se transforment en compost prêt à être mélangé au terreau. Le processus de transformation s’échelonne sur environ 1 mois.
Une fois les résidus de table transformés en compost, ce dernier sert à enrichir la terre du jardin communautaire situé tout près du site de compostage.